南京市第二医院由原南京市钟阜医院和南京市传染病医院于1996年合并组建，1997年通过省卫生厅评审，成为江苏省唯一的三级传染病医院。现为东南大学医学院附属医院，南京大学医学院、南京医科大学教学医院，医院分设钟阜部(院机关所在地)和紫竹林部，占地近8万平方米，建筑面积6万平方米。院内树木葱茏，百花争艳，环境优美，是一座典型的花园式医院。

南京市第二医院现有职工746卫技人员占75％，高级专家兼教授66人，其中省定333工程人才3人，省、市科委跨世纪人才9人，临床研究生13人。编制床位600张，分设16个病区。其中钟阜部10个病区380张床位，主要收治各种法定传染病。没有肝内科、外科、妇产科、儿科、传染病科、中西医结合科、麻醉科等临床科室。门诊部设有相应的专科及专家特色门诊。为适应疾病谱变化以及社会需求，充分利用卫生资源，医院在紫竹林部增设南京市肿瘤医院与南京市老年病医院，编制床位220张，分设6个病区，主要收治肿瘤及老年病。设有肿瘤内科、外科、老年病科以及社区服务部。其门诊部除设有相应的专科外，还设有动、宠物咬伤防疫门诊，性病门诊等。医院的传染科被省卫生厅认定为省级重点学科、省级临床重点专科。

南京市第二医院承担了南京地区及周边省、市传染病诊治任务，医院以医疗服务为重点，狠抓医疗质量，提高医疗服务水平。近年来，在病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝、乙脑、流脑等传染病的诊治，以及狂犬病的免疫预防方面进行了系列研究和临床实践，临床治愈率均有较大提高，同时医院加强重点科室的建设，积极发挥重点科室在医、教、研等方面的积极作用。

南京市第二医院坚持科教兴院，拥有一批省内外有影响的传染病诊治专家，其中多人担任全国、省、市传染病学术团体负责人。努力开展临床应用性研究和科技开发，与国内外医学院校建立广泛的科研合作关系，先后与美国布朗大学、日本名古屋市立大学医学院进行科研合作。

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